Do Francji powrócił w 1799 roku i krótko potem, na pokładzie fregaty "Ozyrys", został wysłany przez Napoleona z rozkazami do Egiptu. Wziął udział w oblężeniu Belbeis. 13 marca 1801 roku w Aleksandrii gen. Maubourg, już jako dowódca 22 pułku szaserów konnych, został ranny odłamkiem pocisku. Wkrótce potem powrócił ze swoim regimentem do Francji. Po powrocie został oddelegowany do Niemiec, gdzie jego korpus wszedł w skład brygady gen. Milhauda, obecnej jako część Korpusu Rezerwowego Kawalerii księcia Murata pod Austerlitz. 24 grudnia 1805 roku, kilkanaście dni po tym zwycięstwie, Latour Maubourg został mianowany na generała brygady. Podczas działań pod Jeną jako dowódca brygady dragonów (9 i 22 pułk) został przydzielony do dywizji dragonów gen. Carniere de Beaumont. W maju 1807 roku został awansowany do stopnia generała dywizji a w roku 1808 obdarowany tytułem barona cesarstwa.