W 1570 r. J. Bauhin przyjął posadę lekarza na dworze księcia Wirtemberga w Montbéliard, gdzie przebywał już do śmierci. Podobnie jak nadworni medycy innych możnowładców, miał jednocześnie w swej pieczy „Les Grands Jardins” – miejscowy ogród botaniczny, trzeci co do daty powstania w Europie. Bauhin znacznie rozbudował ogród, sprowadzając doń wiele nowych roślin, w tym zwłaszcza egzotycznych (m.in. rozwinął w nim uprawę ziemniaków). To właśnie w tym czasie, posiłkując się obserwacjami poczynionymi w ogrodach Wirtembergów, zestawił materiały do swoich dwóch wielkich dzieł botanicznych, które jednak ukazały się drukiem dopiero po jego śmierci.
Dzieła
W 1591 r. opublikował „Godne uwagi dzieje wścieklizny u wilków, jaka miała miejsce w roku 1590, wraz ze środkami zapobiegającymi wściekliźnie, które przychodzi stosować po ugryzieniu przez wilki, psy i inne zarażone dzikie stworzenia” (Histoire notable de la rage des loups (...)). W 1593 r. wydał „Traktat o bezskrzydłych zwierzętach, które szkodzą swoimi ukłuciami lub ugryzieniami, ze sposobami pomocy” (Traité des animauls sans aisles, qui nuisent (...)).