5 września wieczorem pod Dunajec podeszły pierwsze oddziały niemieckie 4 Dywizji Lekkiej. Przez cały dzień 6 września trwały walki z Niemcami. W ich wyniku Niemcy zostali powstrzymani. O godzinie 22. przyszedł rozkaz dowódcy pułku o wycofaniu się w kierunku na Tuchów, a później na Pilzno (7 września). Nowym zadaniem, jakie otrzymał pułk, była obrona nad Wisłoką. Później III batalion odłączył się od reszty pułku i zaczął się wycofywać w kierunku Rzeszowa. 8 września, w czasie marszu przez Ropczyce, Bronisław Konik uległ wypadkowi. Razem z taborami dotarł do Rzeszowa, gdzie trafił do szpitala. 9 września wieczorem wkroczyły do Rzeszowa niemieckie wojska (2 Dywizja Pancerna i część 4 Dywizji Lekkiej). 3 października 1939 r., jako podleczony, opuścił szpital.
W Rozwadowie z grupą znajomych zaczął konspirować. Zbierali broń i amunicję, chowali ją. W grudniu 1939 postanowili szukać kontaktów we Lwowie. Bronisław Konik miał przejść granicę i dostać się do Lwowa. 28 grudnia wyruszył z Rozwadowa do Rudnika nad Sanem. Przy przekraczaniu granicy został aresztowany i przewieziony do Sieniawy do więzienia. Został oskarżony o szpiegostwo. Następnego dnia przewieziono go do Przemyśla.