W 1969 pracował przez kilka miesięcy na Fakultecie Teologicznym Cyryla i Metodego w Litomierzycach (przeniesionym tam po likwidacji Wydziału Teologicznego na Uniwersytecie Karola), gdzie się habilitował. Od 1970 do 1974 był proboszczem w parafii w miejscowości Praskolesy. Następnie cofnięto mu państwowe pozwolenie na wykonywanie posługi kapłańskiej i zmuszono do wcześniejszej emerytury. Aktywnie wspierał kościół podziemny, jeżdżąc po kraju z wykładami i konferencjami. Był sygnatariuszem deklaracji założycielskiej Karty 77. Początkowo był krytyczny wobec nadmiernie jego zdaniem ostrożnej postawy kardynała Františka Tomáška wobec inicjatyw niezależnych. W latach 80. został jednak jednym z najbliższych doradców kardynała obok Oto Mádra i Tomáša Halika i wpłynął na jego otwarcie się na aspiracje wolnościowe czeskich katolików. W 1988 otrzymał doktorat honoris causa Uniwersytetu w Tybindze. W 1990 został honorowym dziekanem reaktywowanego wydziału teologicznego Uniwersytetu Karola, ale na skutek sporów wewnątrz wydziału nie miał większego wpływu na pracę uczelni. W tym samym roku założył i został pierwszym prezesem Czeskiej Akademii Chrześcijańskiej.