W 1836 r. naczelnik wojenny Józef Hurko zarządził przebudowanie kościoła na cerkiew. Przebudowy, według projektu Feliksa Bieczyńskiego i Ferdynanda Konotkiewicza, dokonali Nuchymen Altszuler i Jankiel Cukier. Wtedy również przebudowano domek plebana. Prace budowlane zakończono 1839 r. Cerkiew pełniła funkcję głównej cerkwi Lublina do 1877 r., kiedy to na placu Litewskim wzniesiono reprezentacyjny sobór.
XX wiek W okresie międzywojennym w zabudowaniach byłego klasztoru umieszczono szpital wojskowy oraz inne instytucje Wojska Polskiego. Cerkiew zlikwidowano, a salę podzielono stropem na dwie kondygnacje i urządzono kasyno oficerskie. W czasie okupacji Niemcy w budynkach klasztornych zorganizowali Soldatenheim, czyli „dom rodzinny dla żołnierzy”.
Po II wojnie światowej budynkiem zarządzało Wojsko Polskie, ale część budynku otrzymała wydzielona z UMCS Akademia Medyczna. W tamtych latach niektóre pomieszczenia wykorzystywano również jako mieszkania. Na początku lat 60. rozważano decyzję o rozbiórce całego obiektu. Pojęto decyzję o remoncie, który przeprowadzono pod nadzorem architektów Tadeusza Michalaka i Kazimierza Kwiatkowskiego.