Od sezonu 1994/1995 Sezon 1994/95 przeszedł do historii malborskiej piłki. Pierwszy raz drużyna malborska występowała na zapleczu ekstraklasy. Ostatecznie Pomezania zakończyła sezon na 12. miejscu. Ostatni sezon w szeregach drugoligowców malborczycy zaczęli fatalnie od czterech porażek z rzędu. Ostatecznie uplasowali się na 16. miejscu gromadząc 33 punkty, tracąc tylko 4 punkty do bezpiecznego 14. miejsca. Wraz z odejściem strategicznego sponsora, jakim była Malma, i brakiem pieniędzy z klubu odeszło większość działaczy, a klub staczał się w dół, czego efektem był kolejny spadek tak aż do IV ligi. W sezonie 1998/99 zespół pod wodza Bogusława Oblewskiego pewnie zwyciężył w rozgrywkach IV ligi i powrócił w szeregi III-ligowców, ale jak się okazało, to był ostatni sezon malborczyków na tym szczeblu rozgrywek.