Przez kolejne sezony, aż do roku 2006, piłkarze Pomezanii rywalizowali na IV-ligowych boiskach z różnym skutkiem. W 2006 roku Pomezania spadła do V ligi. Ówczesny prezes nie był w stanie prowadzić dalej klubu i czarny scenariusz, jakim była ogłoszona upadłość Bractwa Piłkarskiego Pomezania Malbork, stał się faktem. Na szczęście dla kibiców drużyna seniorów nie przestała istnieć, a to za sprawą Młodzieżowego Ośrodka Piłkarskiego Pomezania Malbork, który przejął drużynę, by dalej kontynuować tradycję Bractwa Piłkarskiego.
W pierwszym sezonie pod wodzą nowych władz i nowego trenera Tomasza Mazurka Pomezania była o krok od powrotu w szeregi IV ligi. W kolejnym sezonie klubowi udało się awansować do IV ligi. W IV lidze występowali do sezonu 2014/2015, kiedy to klub spadł do V ligi.
Od sezonu 2021/2022 W sezonie 2021/2022 klubowi udało się awansować do IV ligi. Kolejny sezon zakończyli na 2. miejscu gromadząc 84 punkty. Lepszy od Pomezanii okazał się tylko Wikęd Luzino, który zdobył 93 punkty.