Wprowadzenie stanu wojennego w 1981 r. zmniejszyło obroty przedsiębiorstwa, które zaczęło przynosić straty. Dopiero co nabyty w leasingach, nowoczesny tonaż, nie zawijał nawet do szybko pustoszejących portów w Polsce, wożąc ładunki jedynie między portami Europy Zachodniej i innych kontynentów. Rozpoczął się proces ograniczania działalności. Starsze jednostki sprzedawano za granicę po cenach złomu. Pozbywano się również niektórych nowszych jednostek. Zaznaczył się odpływ kadr oficerskich do armatorów zagranicznych i na ląd. Pod koniec lat 80. XX wieku flota PLO skurczyła się do 97 statków.
Zmiany systemowe w Polsce po 1989 r. wymusiły głębokie zmiany w PLO, które musiały przejść restrukturyzację. Ograniczono działalność oraz zatrudnienie. 29 czerwca 1999 r. przedsiębiorstwo państwowe PLO zostało przekształcone w spółkę akcyjną. W 1999 r. wszystkie spółki wchodzące w skład grupy PLO zatrudniały ok. 3 tysiące osób.
Działalność
Na rok 2024, w skład grupy kapitałowej PLO wchodzi 5 spółek-córek. Jedną ze spółek jest POL-Levant, której głównym zadaniem jest działalność hotelarsko-gastronomiczna „Domu Marynarza”. 3 spółki zarejestrowane na Malcie zajmowały się najmem statków własnych i obcych (bez załóg), obsadzaniem tych statków załogą i dalszą dzierżawa do kontrahentów zewnętrznych.