W 2007 roku powstał Wydział Nauk Pedagogicznych, a w 2009 roku Wydział Politologii i Studiów Międzynarodowych. W 2011 roku oddano do użytku Collegium Humanisticum oraz utworzono Centrum Optyki Kwantowej. W 2012 roku wybudowano Interdyscyplinarne Centrum Nowoczesnych Technologii oraz rozbudowano Akademickie Centrum Kultury i Sztuki „Od Nowa”.
W 2019 roku, w związku z utworzeniem nowego kierunku studiów – medycyny weterynaryjnej – oraz dostosowaniem struktury organizacyjnej uczelni do potrzeb jego prowadzenia, Wydział Biologii i Ochrony Środowiska został przekształcony w Wydział Nauk Biologicznych i Weterynaryjnych. W ramach wydziału włączono powstałe w 2017 roku Centrum Medycyny Weterynaryjnej UMK, które następnie przekształcono w Instytut Medycyny Weterynaryjnej. Utworzenie kierunku medycyny weterynaryjnej stanowiło nawiązanie do tradycji powstałego w 1823 roku Instytutu Praktycznej Weterynarii Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie, którego dziedzictwo kontynuuje Uniwersytet Mikołaja Kopernika. Obecnie wydział obejmuje dwa instytuty: Instytut Biologii oraz Instytut Medycyny Weterynaryjnej.