W 2019 roku UMK uzyskał status Uczelni Badawczej, a w 2020 roku został pełnoprawnym członkiem konsorcjum Young Universities for the Future of Europe.
Struktura mały|Collegium Humanisticum Wydziału Nauk Historycznych mały|Wydział Prawa i Administracji mały|Instytut Medycyny Weterynaryjnej mały|Instytut Nauk Pedagogicznych mały|Wydział Sztuk Pięknych mały|Wydział Teologiczny mały|Wydział Farmaceutyczny mały|Wydział Lekarski mały|Wydział Nauk o Zdrowiu
Wydziały i Instytuty Od 1 października 2019 roku UMK dzieli się na 16 wydziałów - w skład 9 z nich wchodzą odpowiednie Instytuty:
Collegium Medicum w Bydgoszczy Wydział Farmaceutyczny Wydział Lekarski Wydział Nauk o Zdrowiu Wydział Chemii
Wydział Filozofii i Nauk Społecznych Instytut Badań Informacji i Komunikacji Instytut Filozofii Instytut Nauk Pedagogicznych Instytut Psychologii Instytut Socjologii Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej Instytut Astronomii Instytut Fizyki Instytut Nauk Technicznych Wydział Humanistyczny Instytut Językoznawstwa Instytut Literaturoznawstwa Instytut Nauk o Kulturze Wydział Matematyki i Informatyki Wydział Nauk Biologicznych i Weterynaryjnych Instytut Biologii Instytut Medycyny Weterynaryjnej Wydział Nauk Ekonomicznych i Zarządzania Instytut Ekonomii i Finansów Instytut Nauk o Zarządzaniu i Jakości