Dopiero od 1996 Prachanda zyskał rozgłos międzynarodowy, będąc już zupełnym liderem maoistów.
Wojna domowa i porozumienie pokojowe
4 lutego 1996 Bhattarai wręczył rządowi, kierowanemu przez Shera Bahadurę Deubę, listę 40 żądań, grożąc powstaniem zbrojnym w razie odmowy ich spełnienia i spotkania. Postulaty odnosiły się do odrzucenia „dominacji obcego kapitału w nepalskim przemyśle”, zerwania „dyskryminującego traktatu z Indiami z 1950” oraz zerwania z feudalnym systemem ziemskim. Przedstawienie postulatów było początkiem trwającej 10 lat wojny domowej. Prachanda w czasie jej trwania przewodził maoistowskim rebeliantom, którzy zdobywali kontrolę w górskich i zachodnich rejonach kraju.
22 listopada 2005 Prachanda i Sojusz 7 Partii (koalicja tworząca rząd po wyborach w 1999) zawarli „12-punktowe porozumienie”. Przedstawiało ono zbieżne postulaty obu grup. Zadeklarowano, iż główną przeszkodą w rozwoju Nepalu jest monarchia i król Gyanendra Bir Bikram Shah Dev. Maoiści zobowiązali się do poszanowania wolności prasy, praw człowieka i demokracji parlamentarnej. Od czasu rozpoczęcia wojny domowej zawieszenia broni zawierane były kilkakrotnie. 26 kwietnia 2006 Prachanda ogłosił 90-dniowe zawieszenie broni ze strony maoistów.