Parlament i nowy rząd Giriji Prasad Koirali poparł ten krok i rozpoczął negocjacje z maoistami, mając za podstawę porozumienie z 2005. Prachanda spotkał się z premierem Koiralą 16 czerwca 2006 i była to jego pierwsza wizyta w Katmandu od ponad dekady. Rozmowy przyniosły ostateczne porozumienie pokojowe, podpisane 21 listopada 2006, które kończyło trwającą kilka lat wojnę domową. Na mocy porozumienia w Nepalu miała zostać przyjęta nowa tymczasowa konstytucja, maoiści mieli wejść w skład rządu oraz rozwiązać swoje bojówki wojskowe, a 20 czerwca 2007 miały odbyć się demokratyczne wybory. Wybory zostały ostatecznie przeniesione na kwiecień 2008. 15 stycznia 2007 Zgromadzenie Narodowe, wybrane w 1999, przekształciło się w Tymczasowy Parlament, w skład którego obok dotychczasowych deputowanych weszli przedstawiciele partii maoistowskiej. Tego samego dnia Tymczasowy Parlament przyjął tymczasową konstytucję.