Był twórcą imprez edukacyjnych, m.in. trzech edycji Forum Inicjatyw Probydgoskich i Ogólnopolskiego Konkursu Wiedzy o Kujawach oraz Konkursu Wiedzy o Kanale Bydgoskim. Był związany z rocznikiem naukowym „Zeszyty Historyczne Muzeum Wolności i Solidarności”, ogólnopolskim miesięcznikiem „Świat Inflant” oraz współpracownikiem „Encyklopedii Solidarności”.

Innym obszarem aktywności Sebastiana Malinowskiego była działalność w strukturach NSZZ Solidarność. Od czerwca 2004 pełnił funkcje, wiceprzewodniczącego Międzyzakładowej Komisji Pracowników Oświaty NSZZ „Solidarność”, od stycznia 2005 był członkiem Zarządu Sekcji Regionalnej Pracowników Oświaty i Wychowania NSZZ „Solidarność, a w czerwcu 2006 wszedł w skład Komisji Rewizyjnej Zarządu Regionu NSZZ „Solidarność”.

Stał się osobą rozpoznawalną w mieście i regionie. W 2006 został wybrany „Bydgoszczaninem Roku” przez czytelników Expresu Bydgoskiego, w marcu 2007 został odznaczony przez Radę Miasta Bydgoszczy Medalem Kazimierza Wielkiego, a w październiku 2007 za szczególne osiągnięcia w pracy dydaktyczno-wychowawczej otrzymał nagrodę Kujawsko-Pomorskiego Kuratora Oświaty.