Wysokie koszty związane były z koniecznością budowy wysokich nabrzeży wobec wahań lustra wody na Wiśle wynoszących do 6 metrów. Dodatkowo grząski grunt utrudniał prace budowlane, a basen portowy okazał się być za płytki w przypadku suszy. Koszty budowy metra bieżącego nabrzeża według inż. Tadeusza Tilingera wyniosły 2600 ówczesnych złotych.
Kolejnym etapem budowy miał być system kanałów łączący Port Praski z Kanałem Obwodowym, z którego zrezygnowano na rzecz projektu kanału łącznikowego z wykorzystaniem jeziorka Kamionkowskiego, jeziorka Gocławskiego oraz niektórych kanałów melioracyjnych Wawerskiej Spółki Wodnej w rejonie Gocławia. Planowano budowę kanału łącznikowego i śluzy przy basenie nr 4, co pozwoliłoby na utrzymanie w porcie stałego poziomu wody +80,5 metra. Znacznie by to obniżyło koszty inwestycji, a port rozbudowywany byłby nie w kierunku Saskiej Kępy, a Jeziora Kamionkowskiego.