W czasie II wojny światowej port został zmodernizowany – powstały nowe magazyny, nowe dźwigi i sprowadzono nowe jednostki pływające. Port miał być miejscem przeładunku żywności sprowadzanej drogą wodną do Warszawy. Po wojnie nastąpiło pewne ożywienie w porcie w związku z dużymi stratami w transporcie kolejowym. W 1950 port przejęła Żegluga Warszawska, w 1962 zlikwidowano bocznice kolejową i tramwajową, a sam port stał się miejscem zimowania jednostek pływających i magazynem. Od lat 70. XX wieku powstają kolejne plany zabudowy terenu portu, z których do dziś nic nie zrealizowano. Likwidacja portu nastąpiła w sierpniu 1980 roku. Na terenie portu znajduje się jednostka policji wodnej, a sam teren o powierzchni ok. 36 ha jest w rękach prywatnego właściciela, który podejmuje starania o zmianę wizerunku tego terenu. Planowana jest inwestycja polegająca na wybudowaniu nowego centrum prawobrzeżnej części Warszawy z nowymi, atrakcyjnymi architektonicznie budynkami, deptakami i zielenią. Teren Portu, podobnie jak większa część prawobrzeżnej Warszawy, jest terenem zalewowym. Dotychczas nie wybudowano planowanej już w latach projektowania pierwotnej wersji Portu śluzy, która stanowiłaby zabezpieczenie przeciwpowodziowe dla sporej części miasta.