W 1417 Jakubek opowiedział się przeciwko Szymonowi z Tišnova i poparł udzielanie komunii dzieciom.
Od 1419 wygłaszał kazania w Kaplicy Betlejemskiej w Pradze, gdzie popierał umiarkowaną frakcję praskich husytów, uznając poglądy taborytów za zbyt radykalne. We wszystkich konfliktach dążył do osiągnięcia kompromisu. W 1420 wygłosił zachowaną do dziś dysputę, w której głosił obronę komunii pod dwiema postaciami z takim sukcesem, że tę formę komunii przyjęło od razu wiele parafii. W rezultacie władze Kościoła nałożyły na niego anatemę; tym niemniej, dzięki Jakubkowi poglądy utrakwistów zyskiwały coraz większą popularność.
W latach 20. XV wieku Jakubek był uznany za największego, obok Hieronima z Pragi, teologa husyckiego.
Obok Jana Želivskiego, Jana z Příbrami i Prokopa z Pilzna, Jakubek był jednym z czterech twórców (zarządców) teologii husyckiej. Ci zarządcy organizowali zebrania, m.in. 12 listopada 1421 zwołali synod na Uniwersytecie Praskim, który potępił radykalne poglądy Jana Želivskiego. Z jego oskarżenia 7 marca 1422 został uwięziony, a następnie ścięty Jan Želivský. Wkrótce potem został odsunięty od swoich funkcji i na kilka miesięcy schronił się w Hradcu Králové, zanim znowu mógł wrócić pod koniec maja do Pragi.