Napisał wspomnienia.
W okresie wielkiego terroru 29 listopada 1937 roku został aresztowany przez NKWD na terenie Akademii, w przerwie między wykładami, i oskarżony o członkostwo w faszystowskiej łotewskiej organizacji w Armii Czerwonej oraz o szpiegostwo na rzecz Niemiec. Był jednym z dowódców aresztowanych przez NKWD po tym, gdy Stalin nakazał zatrzymanie w ciągu dwóch tygodni dwudziestu oficerów w stopniu wyższym od kombryga.
Podczas śledztwa był torturowany. Pod przymusem wskazał kolejnych rzekomych członków łotewskiego faszystowskiego spisku - łącznie dwudziestu wojskowych, którzy zostali następnie aresztowani i w większości straceni. Zeznał również, że Lew Trocki przed 1917 r. był współpracownikiem Ochrany i wywiadu niemieckiego. Został skazany na śmierć 28 lipca 1938 roku z zarzutu o "szpiegostwo i udział w kontrrewolucyjnej organizacji terrorystycznej"; wyrok Kolegium Wojskowego Sądu Najwyższego ZSRR w jego sprawie był z góry przesądzony, nazwisko Vācietisa widniało na sporządzonej przez Nikołaja Jeżowa, a zatwierdzonej przez Stalina liście osób do skazania na śmierć, z tego samego dnia.