w latach 90. XX wieku. zorganizowała kilka sesji historycznych poświęconych przeszłości Szydłowca.
W ramach administracyjnego podziału kraju placówka 1 stycznia 1999 roku przeszła pod Zarząd Starostwa Powiatu Szydłowieckiego. W tym samym roku Muzeum zostało wpisane do Państwowego Rejestru Muzeów.
Z dniem 1 stycznia 2005 roku Muzeum Ludowych Instrumentów Muzycznych w Szydłowcu zostało przejęte przez Samorząd Województwa Mazowieckiego. Była to bardzo korzystna zmiana stwarzająca nowe możliwości działania. Muzeum mogło realizować szereg zadań dzięki dotacjom celowym nowego organizatora. Samorząd Województwa Mazowieckiego przejął muzeum w roku jubileuszu 30-lecia otwarcia muzeum dla zwiedzających. Jubileusz ten muzeum uczciło m.in. sesją popularnonaukową, zorganizowało wystawy: Szydłowiec. Okruchy historii, Lira korbowa instrument zapomniany oraz koncerty, m.in. Zespołu Pieśni i Tańca Mazowsze.
Po kilkuletnim okresie problemów organizacyjnych, w perspektywie remontu zamku – wówczas jedynej siedziby muzeum, od 2011 roku stopniowo projektowano nową strategię działania instytucji, ujmując ją w wieloletnim planie perspektywicznym.