II wojna światowa W 1940 dostał się do niewoli niemieckiej po tym, jak jego dywizja została okrążona pod Lille. Do 1941 przebywał w Oflagu IV B Königstein. W 1941 został zwolniony z niewoli i mianowany naczelnym dowódcą wojsk francuskich w Afryce Północnej. W 1942 po wylądowaniu w Algierii wojsk aliantów został aresztowany przez członków ruchu oporu w Algierze i następnie przeszedł na ich stronę. W efekcie tego zdarzenia został mianowany dowódcą Francuskiego Korpusu Ekspedycyjnego, który był częścią amerykańskiej 5 armii, która brała udział w inwazji na Włochy w 1943 roku. Doświadczenie korpusu w walkach górskich było kluczowe przy przełamaniu Linii Gustawa. Po walkach żołnierze Korpusu, w zdecydowanej większości Marokańczycy, dopuścili się wielu przestępstw na miejscowej ludności, jak grabieże, podpalenia, gwałty, a nawet morderstwa. Juina oskarżono o to, że pozwolił na to, po tym jak dał 50 godzin odpoczynku swoim żołnierzom. W latach 1944–1947 szef sztabu generalnego.
Alphonse Juin tak powiedział o bierności Francji podczas klęski wrześniowej Polski w 1939: