W czasie, gdy cesarz przebywał w Wiedniu, przybyło do niego pruskie poselstwo od Fryderyka Wilhelma III. Prusy zamierzały wypowiedzieć Francji wojnę, jednak na wieść o austriackiej klęsce pod Austerlitz, zrezygnowały z tego projektu.
Austria utraciła Wenecję, Istrię i Dalmację na rzecz Włoch (tytuł króla Włoch dzierżył wówczas Napoleon Bonaparte), Tyrol na rzecz Bawarii – sojuszniczki Francji, oraz Górną Szwabię na rzecz sprzymierzonej z Napoleonem Wirtembergii, a otrzymała Salzburg. Musiała ponadto wypłacić kontrybucję wojenną w wysokości 40 milionów franków.
Franciszek II zgodził się uznać całkowitą niezależność Bawarii, Wirtembergii i Badenii, rezygnując tym samym z tytułu cesarza rzymskiego. Pozostał jednak przy tytule cesarza Austrii. Na mocy układu w Preszburgu Austria utraciła łącznie 65 tys. kilometrów kwadratowych powierzchni, zamieszkanych przez 4 miliony obywateli.