Strona pruska za cenę utrzymania pokoju z Francją musiała zrzec się na korzyść Bawarii księstwa Ansbach, a na korzyść Francji dwóch mniejszych księstw – Neuchâtel i Kleve. Fryderyk Wilhelm III miał w zamian otrzymać do niedawna angielski Hanower. Późniejsza praktyka pokazała, że Francja nieprzychylnie myślała o oddaniu Hanoweru Prusom. Po Europie rozeszły się nawet pogłoski o planowanym pokoju pomiędzy Francją i Anglią. Ostatecznie sytuacja ta doprowadziła do konfliktu między Prusami a Francją.

Napoleon postanowił wykorzystać swój sukces militarny, by zdobyć hegemonię w Niemczech. Dlatego w styczniu 1806 roku wysunął państwom niemieckim ofertę utworzenia Związku Reńskiego pod protektoratem Francji. 12 lipca 1806 roku przedstawiciele 16 państw niemieckich podpisali umowę, na mocy której utworzyły one konfederację zależną od Napoleona, w której nadrzędną rolę mieli pełnić jego sojusznicy. Do Związku Reńskiego przystąpiły m.in.: Bawaria, Wirtembergia, Ratyzbona, Badenia, Berg, Hesja-Darmstadt oraz Księstwo Nassau. Napoleon uzyskał prawo do kierowania polityką zagraniczną Związku Reńskiego oraz do uformowania 63-tysięcznego kontyngentu wojskowego z żołnierzy państw konfederacji.