Użycie Pomimo kilku rekordowych lotów, samolot początkowo nie mógł być sprzedawany w Niemczech z uwagi na ograniczenia wynikające z traktatu pokojowego. Pierwszy samolot został sprzedany 29 października do USA, nabywcą był John M. Larsen. Zorganizował on następnie montaż i sprzedaż F 13 na rynku amerykańskim pod marką Junkers – Larsen| Flugzeuge | Ju XX: Junkers JL6.Junkers-Larsen JL.12.. Dwa samoloty w wersji wodnosamolotu pływakowego oznaczone JL6 zakupiła nawet marynarka wojenna USA. W Niemczech Junkersy F 13 były używane przez linie lotnicze Junkersa, a następnie przez Lufthansę. Samoloty te używane były także w innych krajach świata, aż do lat 40., co dowodziło jakości konstrukcji. Samoloty te sprzedawane były także do ZSRR, gdzie były używane przez państwowe linie lotnicze Dobrolot. Modele używane na terenie ZSRR oznaczano symbolem „Ju 13”.
Podczas II wojny światowej szereg Junkersów F 13 zostało wcielonych do Luftwaffe, gdzie pełniły zadania transportowe i kurierskie.