Dokładna liczba wcielonych maszyn nie jest znana.
W Polsce W Polsce w 1921 przedsiębiorstwo Aero-Targ jako pierwsze wypożyczyło 6 Junkersów F 13 z gdańskiego przedsiębiorstwa pocztowego Danziger Luftpost i uruchomiło komunikację na trasie W.M Gdańsk – Poznań – Warszawa na okres Targów Poznańskich.
W roku 1922 przedsiębiorstwo lotnicze Aerolloyd kupiło 6 Junkersów F 13, a w latach 1923 i 1925 po 3 następne. Nosiły one znaki od P-PALA do P-PALH i od P-PALK do P-PALN. Po reorganizacji przedsiębiorstwa i zmianie nazwy na Aerolot, zakupiło one 4 dalsze Junkersy (P-PALO, P-PALP, P-PALR i P-PALS). Łącznie więc polskie lotnictwo cywilne posiadało 16 samolotów tego typu. Jeden z nich, P-PALS został rozbity w 1925. Utworzone w 1929 Polskie Linie Lotnicze „Lot” przejęły 15 pozostałych Junkersów. Otrzymały one w tym roku też nowe znaki rejestracyjne: od SP-AAA do SP-AAH, od SP-AAJ do SP-AAK i od SP-AAT do SP-AAW.