Skuteczna postawa w tureckiej ekstraklasie poskutkowała tym, że latem 1999 Baljić przeszedł do Realu Madryt. W Primera División zadebiutował 18 września w zremisowanym 1:1 spotkaniu z Deportivo La Coruña, ale w składzie Realu byli wówczas tacy piłkarze jak Raúl, Fernando Morientes czy Nicolas Anelka i Baljić nie miał szans na grę w wyjściowej jedenastce. W lidze wystąpił łącznie w 11 meczach i zdobył 1 gola (w wygranym 1:0 meczu z Celtą Vigo), a klub prowadzony przez Vicente del Bosque wygrał Ligę Mistrzów.
W 2000 roku Baljić wrócił do Fenerbahçe, z którym na koniec sezonu został mistrzem Turcji. Latem 2001 po raz drugi wyjechał do Hiszpanii, gdzie grał w Rayo Vallecano Madryt, a w ataku był partnerem Bolicia. Pobyt w Rayo był podobnie jak w Realu nieudany i zawodnik zdobył zaledwie jednego gola. W 2002 roku Baljić podpisał 3-letni kontrakt z Galatasaray SK. Z powodu licznych kontuzji występował w małej liczbie meczów. W 2003 roku wywalczył wicemistrzostwo kraju, w 2004 zajął dopiero 6. miejsce w lidze, a zimą 2005 przeszedł do Konyasporu, w którym spędził pół roku. Urazy spowodowały, że Baljić nosił się z zamiarem zakończenia kariery i przez rundę jesienną sezonu 2005/2006 nie grał w żadnym klubie.