Geologia Leży na wschodniej granicy gór Sierra Morena, którędy przepływają liczne rzeki (z północy na południe) odprowadzające wody z części Mesety na południu do Gwadalkiwiru i pokonujące teoretyczną barierę naturalną gór Sierra Morena. Jedną z takich rzek jest właśnie Despeñaperros, które wyrzeźbiło ten przełom, ale także rzeka Guarrizas, która płynie 11 km na wschód i tworzy kaskadę Cimbarra, chronioną jako park krajobrazowy. Należy zaznaczyć, że rzeka Despeñaperros jest dopływem Guarrizas, do której uchodzi 10 km na południe od przełomu. The vertical walls of the gorge expose geological layers that reveal the history of the surrounding land. The walls are composte of extremely hard vertical walls composed of "Armorican" quartzite, formed in the ocean 500 million years ago in the Paleozoic, which were later covered by more recent materials. In the Carboniferous these were elevated and exposed to erosion, finally to be discovered here and at Cimbarra Falls. Pionowe ściany przełomu ukazują historię geologiczną regionu. Zbudowane są z kwarcytu o dużej twardości, ukształtowanego na dnie oceanu 500 milionów lat temu, na początku paleozoiku.