Później kwarcyt został przykryty przez materiał młodszy, a w karbonie (320 milionów lat temu), w orogenezie hercyńskiej, w wyniku kolizji kontynentów Laurazja i Gondwana kwarcyt został wyniesiony i wystawiony na erozję, podobnie jak w kaskadzie Cimbarra.
W warstwach kwarcytu (armorykańskiego) widoczne są ripplemarki lub skamieniałe pofalowania powstałe na skutek działalności fal morskich. W osadach piasku sprzed 500 milionów lat odkryto również ślady skamielin.
Spośród formacji, które występują w Despeñaperros, niektóre mają nazwy własne, jak El Salto del Fraile, Las Correderas, czy Los Órganos, w których kwarcyt został zgnieciony do postaci pionowych warstw, którym erozja nadała kształt spiczastych tub, przypominających instrument – organy. Los Órganos ma status pomnika przyrody.
Flora thumb|185px|Drzewo poziomkowe Roślinność jest podobna na obszarze całej wschodniej części gór Sierra Morena: las śródziemnomorski z dominacją dębu ostrolistnego i dębu korkowego, ale także z dębem portugalskim, dębem pirenejskim i sosnami (pinia, sosna alepska i sosna czarna).