blok zabudowy przyrynkowej.
Wtedy – w dwóch fazach – przystąpiono do budowy murowanego prezbiterium, początkowo funkcjonującego jako samodzielna świątynia, o czym świadczy istnienie ozdobnego szczytu zachodniego, do dziś czytelnego na strychu. Niestety, skąpe źródła historyczne przekazują niewiele konkretnych dat dotyczących budowy. Przypuszcza się, że prezbiterium ukończono około 1310 r., natomiast dalszy etap – wznoszenie korpusu nawowego – rozpoczęto po pożarze miasta w 1341 r. Od tego czasu zwierzchnictwu fary podlegały 2 grudziądzkie świątynie szpitalne – Św. Ducha i św. Jerzego na Rybakach. Istniała też szkoła parafialna, ponadto utrzymaniu fary służyły posiadłości ziemskie. Zapewne w XV w. nawę główną podwyższono do obecnej wysokości i zasklepiono.
Od połowy XVI w. do 1598 r. i ponownie podczas potopu szwedzkiego (1656–1659) kościół był ewangelicki. W 1612 r. spłonęła wieża, którą wkrótce odbudowano, przebudowując szczyty zachodnie. W ciągu XVII w. od północy dobudowano 3 kaplice boczne (grobowe rodów Działyńskich i KostkówJerzy Antoni Kostka, Kostkowie herbu Dąbrowa. Wyd. Z.P. Polimer Koszalin 2010, , s. 55, 60, 61., bracką św. Michała) oraz – od południa – kruchtę. Od 1620 r.