przy zwieńczonej kopułą ośmiobocznej Kaplicy Działyńskich zostali osadzeni jezuici, którzy działali tu do wybudowania własnego kolegium i kościoła. Według niektórych autorów w 1659 r. kościół został spustoszony podczas wyzwalania Grudziądza spod okupacji szwedzkiej.
W 1738 r. wieża kościelna otrzymała wysoki ażurowy barokowy hełm, w 1769 r. zbudowano sygnaturkę na dachu korpusu. W końcu XVIII w. hełm wieży rozebrano i zburzono kaplice boczne. W 1896 r. miała miejsce gruntowna renowacja fary w duchu neogotyckim, wnętrze otrzymało nowe polichromie i witraże. Podczas działań wojennych w 1945 r. kościół poniósł ciężkie straty: runęła górna część wieży, dachy, spłonęła większa część wystroju. Odbudowa miała miejsce w latach 1946–1949. Po utworzeniu w 1992 r. diecezji toruńskiej, fara została podniesiona do rangi kolegiaty kapituły grudziądzkiej. Jest również sanktuarium maryjnym, z obrazem Matki Bożej Łaskawej. Po 2000 r. przeprowadzono gruntowne zewnętrzne i wewnętrzne prace restauratorskie. W lipcu 2010 roku Benedykt XVI podniósł Kościół św. Mikołaja do rangi bazyliki mniejszej. Uroczyste nadanie tytułu nastąpiło 6 grudnia 2010 r.
Do parafii należy nekropolia katolicka przy ul. Cmentarnej.