Centralne Kierownictwo Ruchu Ludowego powierzyło mu opracowanie doktryny wojskowej ruchu ludowego na czas wojny i przygotowanie odpowiednich dokumentów do powołania chłopskiej organizacji wojskowej.
W sierpniu 1940 Franciszek Kamiński zgłosił swą koncepcję utworzenia organizacji zbrojnej "Chłopska Straż” - kryptonim konspiracyjny „Chłostra”, później przemianowanej na Bataliony Chłopskie. W październiku został decyzją CKRL mianowany komendantem głównym pierwszej w dziejach Polski samodzielnej chłopskiej organizacji zbrojnej i funkcję tę pełnił do końca wojny. Bataliony Chłopskie liczyły wówczas ponad 157 tys. żołnierzy. thumb|Tablica upamiętniająca przeprowadzoną w lipcu 1943 odprawę komendantów obwodów Batalionów Chłopskich-Podlaskie Podokręgu IV a w klasztorze Paulinów w Leśnej Podlaskiej Gdy w 1942 hitlerowcy podjęli akcję wysiedlania ludności Zamojszczyzny, Franciszek Kamiński organizował pierwsze wystąpienia zbrojne BCh na tym terenie. Zwycięski przebieg walk pod Wojdą i Zaborecznem doprowadził do zahamowania akcji wysiedleńczej. W marcu 1943 doprowadził do scalenia sił BCh z Armią Krajową. W 1944 wszedł w skład Komendy Głównej Armii Krajowej. Pełnił funkcję szefa I Oddziału Sztabu AK. Uczestniczył w powstaniu warszawskim.