II wojna światowa Już w pierwszych tygodniach niemieckiej okupacji był jednym ze współtwórców centralnego ośrodka ruchu ludowego na terenie Warszawy, kierowanego przez Macieja Rataja. W konspiracji używał pseudonimów „Olsza” i „Zenon Trawiński”. W listopadzie 1939 podjął prace organizacyjne mające na celu stworzenie chłopskiego ruchu oporu na Kielecczyźnie. Z jego inspiracji powołano wówczas w powiecie pińczowskim, opatowskim, sandomierskim i iłżeckim pierwsze komórki konspiracyjne Stronnictwa Ludowego „Roch”. Pełnił wówczas funkcję łącznika pomiędzy rodzącą się kielecką organizacją SL a Centralnym Kierownictwem Ruchu Ludowego. Wchodził też w skład kierownictwa wojewódzkiego „Rocha”.

Opowiadał się za włączeniem chłopów do działalności Związku Walki Zbrojnej. Jednakże niechętny stosunek kadry dowódczej ZWZ do ludowców sprawił powołanie odrębnej organizacji zbrojnej ruchu ludowego. Z propozycją taką Franciszek Kamiński wystąpił do CKRL już na początku 1940.