W 2008 roku awansował na początku sezonu do finału w Auckland i 4 rundy Australian Open. Potem u Hiszpana pojawiły się problemy zdrowotne. Ze względu na uraz nogi poddał mecz 1 rundy French Open, a na Wimbledonie przez kontuzję ścięgna udowego pojedynek 2 rundy. Na US Open nie wystartował przez problemy z ramieniem. Powrócił do rywalizacji pod koniec września, do końca roku dochodząc do ćwierćfinałów w Pekinie i Lyonie.
W kwietniu 2009 roku Hiszpan zwyciężył w Casablance, triumfując w imprezie ATP World Tour po raz pierwszy od października 2003, gdy był najlepszy w Madrycie. Ponadto został finalistą zawodów w Umagu. W czerwcu wygrał 400 mecz w karierze, na trawiastych kortach w Londynie. Doszedł również po raz drugi do ćwierćfinału Wimbledonu, ulegając Andyemu Murrayowi. Wspólnie z reprezentacją odniósł zwycięstwo w Pucharze Davisa, mimo że w finałowej rundzie z Czechami nie zagrał. Wywalczył za to decydujący punkt w ćwierćfinale z Niemcami i wygrał 1 punkt w półfinale z Izraelem.