Rzadko przepływają długie dystanse, jednak potrafią przepłynąć do 42 km w ciągu 24 godzin. Wypoczywają zazwyczaj za dnia w lagunach, nad brzegami rzek oraz między korzeniami nadrzecznych i nadmorskich drzew. Przeciętna długość życia manata afrykańskiego nie jest znana. Szacuje się, że zwierzęta te mogą żyć dłużej niż 60 lat.
Ich głównym wrogiem jest człowiek, choć czasem atakowane są i zjadane przez krokodyle. Badania przeprowadzone w Gwinei Bissau dowiodły, że najwięcej manatów afrykańskich ginie tam w wyniku zaplątania się w sieci rybackie (około 72%), a jedynie 13% w wyniku polowań. W skali całego gatunku największym zagrożeniem są jednak te drugie.
Manaty bywają uważane za szkodniki. Zdarza się, że żerują one na polach ryżowych. Pomimo działań zapobiegawczych rzadko udaje się ochronić przed nimi zbiory. Niszczenie pól zdarza się wyłącznie w porze deszczowej (sierpień i październik). Innym polem konfliktu z człowiekiem jest niszczenie sieci rybackich – w 81% przypadków zaplątania się w sieci manaty niszczą je.