Przypuszcza się, że prowadzą nocny tryb życia – żerowanie na polach ryżowych obserwowano o tej porze doby.
Pośrednim zagrożeniem dla manatów jest niszczenie siedlisk: budowa zapór na rzekach, wycinanie namorzynów na opał, przekształcanie delt w pola ryżowe oraz zamulanie lagun i rzek w wyniku zwiększonej erozji w górnych biegach rzek.
Manat afrykański jest zazwyczaj samotnikiem, dość często można jednak spotkać matkę z młodymi lub niewielkie stada liczące od 3 do 15 osobników (najczęściej jednak są to grupy rodzinne liczące 4-6 osobników). Zachowania rozrodcze są słabo zbadane – prawdopodobnie samica kopuluje z kilkoma samcami. W trakcie godów osobniki rozpryskują wodę płetwami i obracają się w niej, aby przyciągnąć uwagę potencjalnego partnera. Podejrzewa się, że zwierzęta te mogą rozmnażać się przez cały rok, choć wiele lokalnych populacji preferuje okres między czerwcem a wrześniem. Do porodu dochodzi w płytkich lagunach. Zwykle rodzi się 1 młode, które w momencie urodzenia mierzy od 1 do 1,05 m długości.