Zrekonstruowane w latach 30. fragmenty murów przetrwały II wojnę światową. Po wojnie prace wznowiono, a paradoksalnie ułatwiły je zniszczenia Starego Miasta. Pierwsze prace rozpoczęto w 1949. W latach 1950–1955 dążono do odbudowy całych fortyfikacji. W tym okresie zrekonstruowano m.in. Barbakan i Wieżę Prochową. Jednak ten sposób autorskiej odbudowy wzbudził kontrowersje nie mając oparcia w źródłach. W latach 1957–1963 starano się już jedynie uwidocznić zachowane fragmenty poprzez ich remont a nie odbudowę.
W latach 1958–1963 zbudowano w murze zewnętrznym most żelbetowy przez fosę, stanowiący przejście z ulicy Szeroki Dunaj i międzymurza na ulicę Podwale.
Ostatnim etapem prac konserwatorskich było wydobycie spod bruku placu Zamkowego murowanego mostu nad fosą prowadzącego do dawnej Wieży Krakowskiej. Na placu ułożono pasy z cegły klinkierowej pokazujące dawny przebieg podwójnej linii murów. Od roku 1996 prowadzono prace konserwatorskie mające na celu poprawę stanu technicznego murów, m.in. wyremontowano także obiekty odbudowane w latach 50. XX wieku.