O mury przestano dbać, gdyż nie miały już one znaczenia obronnego, a bardziej przeszkadzały w rozwoju miasta.
W XVII wieku powoli rozpoczęła się rozbiórka murów. Wybito też dla wygody nowe przejścia, choć nadal w dobrym stanie były bramy i wieże. W XVIII wieku do murów przyległy zabudowania, początkowo drewniane, w XIX wieku wyparte przez kamienice. Jeszcze w XVIII wieku Warszawę otoczyły nowe wały - tzw. Okopy Lubomirskiego, które stanowiły kordon sanitarny wokół miasta. W XIX wieku także uległy zniszczeniu bramy miejskie, jako zbyt wąskie w stosunku do potrzeb. W II połowie XIX wieku mury zostały prawie całkowicie zakryte przybudówkami i kamienicami czynszowymi.
Rolę umocnień broniących miasto przejęły dzieła fortyfikacyjne na przedmieściach – wznoszone w czasie insurekcji kościuszkowskiej, a później w XIX wieku w okresie Księstwa Warszawskiego, powstania listopadowego, a w końcu pierścień fortów wraz z cytadelą tworzące Twierdzę Warszawa, wzniesionych w okresie Królestwa Kongresowego.
Renowacja Pierwsze próby renowacji podjęte zostały w 1936 pod kierownictwem Jana Zachwatowicza z inicjatywy zarządu miasta. Próba odsłonięcia murów objęła fragment pomiędzy Bramą Poboczną (Wąski Dunaj) a Barbakanem, w trakcie której odkopano fosę i usunięto zabudowę.