Kościół św. Wojciecha niewątpliwie służył jako miejsce pochówków, gdyż w 1903 roku odkryto w jego podziemiach zbiorowy grób zakonników. Z zachowanego napisu wynikało, że gdy opuszczali ten klasztor ojcowie benedyktyni, ojców swoich kości, oczekujących na dzień sądu ostatecznego złożyli w tym grobie. P. R. 17...6 września.
Kościół św. Dominika kryje w swoich podziemiach szczątki dobrodziejów i członków zgromadzenia. We wnętrzu kościoła nie istnieją nagrobki, gdyż prawdopodobnie zostały zniszczone w kolejnych przebudowach lub przez protestantów, którzy przekształcili go w 1805 roku na zbór. Cmentarz zamieniono natomiast na ogród owocowy. W obrębie ogrodu istniały kapliczki do odprawiania procesji w Boże Ciało, ostatnią z nich zniszczono w 1912 roku.
Kolejny cmentarz istniał przy Kościele św. Leonarda i Katarzyny. W 1618 roku był otoczony murem z cegły, w którym znajdowała się brama z drewnianą kratą. Podczas prac budowlanych na placu Obrońców Warszawy natrafiono na ślady tego cmentarza.