Funkcję superintendenta generalnego po ks. Jakobie Hogensee objął ks. David Crolle. Obaj duchowni prowadzili liczne ordynacje na księży, na skutek czego doprowadzili oni w sumie do wprowadzenia w urząd przynajmniej 76 pastorów.
Po zniszczeniu klasztoru dominikanów będącym efektem tumultu po debacie Jana Amandusa z duchownymi katolickimi aż do 1602 kościół klasztorny pozostawał opuszczony. Z inicjatywy księżnej Erdmuty Brandemburskiej, żony nieżyjącego już wówczas księcia Jana Fryderyka, obiekt został wówczas poświęcony jako ewangelicko-augsburski kościół dworski św. Jana, co miało na celu uczczenie pamięci zmarłego. W 1685 kościół przestał pełnić funkcję wyłącznie dworskiego, kiedy powołano przy nim parafię ewangelicko-reformowaną, stanowiącą jedyną placówkę tego wyznania na terenie miasta, natomiast w 1693 utworzono tu także trzecią na obszarze Słupska parafię ewangelicko-augsburską. W 1817 obydwa zbory weszły w skład Zjednoczonego Kościoła w Prusach.