grupa tetrahydropiranylowa (kwasowolabilna) pozycja 3′-OH: grupa benzoilowa, grupa lewulinylowa pozycja 5′-OH: grupa dimetoksytrytylowa (kwasowolabilna).
Przebieg syntezy thumb|315px|Amidofosforyn deoksycytydyny z grupami ochronnymi:5′-OH – grupa dimetoksytrytylowaN4 – grupa benzoilowafosfor – grupa cyjanoetylowa Metody syntezy można pogrupować w zależności od zastosowanej chemii, fazy, skali itp. Obecnie najczęściej stosowana jest automatyczna synteza metodą amidofosforynową na podłożu stałym. Składa się ona z powtarzanych kolejno cykli syntetycznych prowadzących do przyłączania kolejnych nukleotydów do łańcucha oligonukleotydowego rosnącego na podłożu stałym: (start) Podłoże stałe posiada pierwszy nukleozyd, przyłączony końcem 3′. przemycie roztworem kwasu w celu usunięcia grupy DMTr z pozycji 5′-O przemycie roztworem zaktywowanego 3′-amidofosforynu odpowiedniego nukleozydu. Nukleotyd zostaje przyłączony wiązaniem fosforynowym. przemycie roztworem jodu i wody w rozpuszczalniku organicznym w obecności katalizatora nukleofilowego. Fosforyn utlenia się do fosforanu. przemycie roztworem bezwodnika octowego w celu zablokowania grup 5′-OH, do których nie przyłączył się amidofosforyn powrót do punktu 1.