Procedurę powtarza się aż do uzyskania pożądanego oligonukleotydu.
Po zakończeniu syntezy oligonukleotyd podlega procesowi izolacji: końcowe odblokowanie – poprzez umieszczenie podłoża stałego z oligonukleotydem w roztworze amoniaku uzyskuje się: odcięcie oligonukleotydu od podłoża odblokowanie grup ochronnych z zasad heterocyklicznych odblokowanie reszty fosforanowej (β-eliminacja reszty cyjanoetylowej). W przypadku RNA dodatkowym etapem jest odblokowanie pozycji 2′-OH. Grupę sililową usuwa się zazwyczaj w warunkach zbliżonych do obojętnych za pomocą fluorku tetrabutyloamoniowego (TBAF) lub fluorowodorku trietyloamoniowego (). oczyszczanie produktu za pomocą wysokosprawnej chromatografii cieczowej (jonowymiennej lub w fazie odwróconej) lub elektroforezy (PAGE). Dla krótkich oligonukleotydów (kilka jednostek nukleotydowych) stosować można również chromatografię cienkowarstwową . liofilizacja gotowego oligonukleotydu.
Strategie syntezy Podział ze względu na centrum fosforowe metoda fosforanodiestrowa metoda fosforanotriestrowa metoda fosforynotriestrowa metoda amidofosforynowa metoda H-fosfonianowa