W 1991 J. Fraser Stoddart wraz z zespołem opublikował pierwszy w historii rotaksan funkcjonujący jako przełącznik molekularny i zachowujący się jak rodzaj "suwnicy". Jedna z cząsteczek z układu pełni rolę łoża po którym może przesuwać się druga, cykliczna cząsteczka (na niebiesko na rysunku poniżej). W "łożu" znajdują się dwie "stacje końcowe", między którymi może oscylować makrocykliczny fragment układu. W przypadku układu Stoddarta były to ugrupowania bifenylowe (na czerwono na rysunku poniżej) połączone łańcuchem polipeptydu. Stoddart przypuszczał, że kiedy jako stacje włączy się w strukturę "łoża" dwa różne ugrupowania, zdolne na dwa różne sposoby reagować na bodźce zewnętrzne otrzyma się przełącznik molekularny, który będzie mógł pełnić rolę maszyny cząsteczkowej.
400px|Molecular switch Stoddart 1994
W 1993 r. pionier chemii supramolekularnej Fritz Vögtle opublikował nowy rodzaj przełącznika o strukturze katenanu
250px|Fotoprzełączalny katenan, Vögtle, 1993