Na kolejną płytę sygnowaną nazwą Flogging Molly trzeba było czekać kolejne dwa lata. 14 września 2004 roku ukazał się trzeci album studyjny Flogging Molly, zatytułowany Within A Mile Of Home. Płyta, mimo iż zachowana była w stylu dwóch poprzednich albumów, ukazywała ewolucję zespołu, o czym świadczyć mogły bardziej rozbudowane, wielowątkowe kompozycje (Tobacco Island czy łączące się dwa utwory The Spoken Wheel i With A Wonder And The Wild Desire) które zdecydowanie wyróżniały się na tle szybkich i utrzymanych w starym stylu piosenek takich jak otwierający płytę Screaming At The Wailing Wall czy Seven Deadly Sins.
W międzyczasie zespół zaczął grać samodzielne trasy, które ściągały fanów w wielu różnych miejscach na świecie - zespół koncertował już nie tylko w Stanach, ale także w Europie czy Ameryce Południowej. Następnie zespół nawiązał współpracę z reżyserem i producentem filmowym, Jimem Dziurą, której efektem był wydany w 2006 roku film dokumentalny o Flogging Molly zatytułowany Whiskey On A Sunday. Film ukazał się jako ekskluzywnie wydany album digipack z dwoma płytami: DVD i CD, na której znalazło się 11 nigdy nie publikowanych utworów grupy, a także kilka wersji akustycznych i koncertowych piosenek znanych z wcześniejszych płyt formacji.