Kampus zlokalizowany jest w Mikołajkach, na zachodnim brzegu Jeziora Mikołajskiego, na obrzeżu Puszczy Piskiej, w centralnej części systemu Wielkich Jezior Mazurskich. Na Kampusie prowadzone są badania z zakresu zaawansowanego obrazowania biologicznego i biomedycznego.
Instytut Nenckiego jest siedzibą trzech towarzystw naukowych: Polskiego Towarzystwa Biochemicznego, Polskiego Towarzystwa Badań Układu Nerwowego i Polskiego Towarzystwa Etologicznego. W Instytucie działa także od 2012 r. Fundacja Marcelego Nenckiego Wspierania Nauk Biologicznych.
W 2013 r. Komisja Europejska przyznała Instytutowi, jako pierwszej jednostce badawczej w Polsce, prawo do posługiwania się znakiem HR Excellence in Research.
Instytut Biologii Doświadczalnej od wielu lat uczestniczy w organizowaniu imprez masowych: Festiwalu Nauki, Pikniku Naukowym Polskiego Radia i Centrum Nauki Kopernik, Tygodniu Mózgu (imprezie powstałej z inicjatywy neurobiologów Instytutu), Festiwalu Nauki Małego Człowieka, Sympozjum Naukowym dla nauczycieli biologii z całej Polski, w spotkaniach ze stypendystami z Krajowego Funduszu na Rzecz Dzieci. Pracownicy Instytutu organizują zajęcia z młodzieżą szkolną w ramach Dni Otwartych, prowadzą wykłady popularnonaukowe Wszechnicy Polskiej Akademii Nauk oraz Towarzystwa Naukowego Warszawskiego.