W II Rzeczypospolitej Instytut Nenckiego pozostał niezależną placówką badawczą, częściowo korzystającą ze wsparcia budżetu państwa. Środki te były kierowane przede wszystkim na rozwój badań hydrobiologicznych. W ramach Instytutu utworzono trzy stacje badawcze, dwie na Wigrach i na Helu (1932) oraz Stację Rzeczną w Pińsku. Warszawscy lekarze byli jednymi z początkowych fundatorów Instytutu. Jedną z pierwszych pracowni, która wytyczyła drogę dzisiejszemu Instytutowi Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN, była pracownia neurobiologii Edwarda FlatauAndrzej Śródka, Rola lekarzy w utworzeniu Towarzystwa Naukowego Warszawskiego Towarzystwo Naukowe Warszawskie..
W wyniku II wojny światowej wyposażenie Instytutu zostało zniszczone i rozgrabione, a biblioteka spalona. Powojenna odbudowa Instytutu Nenckiego w Łodzi była zasługą trzech par małżeńskich: Jana i Stanisławy Dembowskich, Włodzimierza i Stelli Niemierko oraz Jerzego Konorskiego i Liliany Lubińskiej, którzy równolegle z prowadzeniem własnych badań rozwinęli proces kształcenia nowych kadr.