Nowa Holandia Wśród jego pierwszych obwieszczeń była odezwa o ścisłym przestrzeganiu Niedzieli jako dnia świętego, zakazanie sprzedaży alkoholu i broni palnej Indianom, ochrona dochodów kolonii poprzez zwiększenie podatku na towary importowane. Próbował także wznosić domy i oberże o wyższym standardzie, zorganizował coroczne targi bydła, zaangażował się także w założenie szkół publicznych. Jednym z pierwszych poczynań nowego gubernatora było wejście w porozumienie z innymi koloniami poprzez wzgląd na ważną kwestię osadnictwa na terenach przygranicznych; Nowa Anglia nie zgodziła się na warunki zaproponowane przez Stuyvesanta. Został także uwikłany w kontrowersyjną sprawę gubernatora Connecticut Teophilusa Eatona, co było związane z żądaniami Holendrów dotyczącymi problemu holenderskiej jurysdykcji na tym terenie.
W roku 1648 narasta konflikt pomiędzy nim a Brantem Arentem Van Slechtenhorstem, komisarzem młodych właścicieli ziemskich z rejonu Rensselaerswyek i Beverswick, Stuyvesant był człowiekiem nie respektującym feudalnych przywilejów stojących w sprzeczności z jego władzą a zagwarantowanych statutem z 1629 r.