W roku 1649 Stuyvesant wkracza do Fortu Orange z ochroną w postaci oddziału wojska, i nakazuje wyburzenie niektórych domów w celu zapewnienie lepszej obronności w wypadku ataku Indian, rozkazuje także zabranie tarcicy ze składów drewna właścicieli ziemskich na naprawę wałów obronnych. Van Slechtenhorst odmawia wykonania polecenia Stuyvesanta, więc gubernator wysyła pluton żołnierzy w celu wyegzekwowania nakazu. W rezultacie tego zajścia komisarz zachował swoje uprawnienia a nowy gubernator traci na swojej popularności Pierwsze dwa lata jego rządów były raczej nieudane. Miał on nadal poważne problemy z właścicielami ziemskimi którzy przeszkadzali w handlu i nie uznawali władzy dyrektora generalnego, uwikłał się także w spory z Radą, która wysłała delegację do Hagi aby złożyć Stanom Generalnym oświadczenie o stanie kolonii. To oświadczenie zostało opublikowane w „Vertoogh van Nieuw Netherlandt” (Haga, 1650). Stany Generalne nakazują Stuyvesantowi aby się udał do kraju osobiście;