W czasie powstania listopadowego pracował w Szpitalu Ujazdowskim i zorganizował w Warszawie szpital wojskowy na 600 łóżek, którego był naczelnym lekarzem. Od grudnia 1830 do lutego 1831 szkolił studentów IV i V roku medycyny z zakresu chirurgii praktycznej, w celu przygotowania ich do służby na polu bitwy. 4 czerwca 1831 roku odznaczono go Krzyżem Złotym Orderu Virtuti Militari nr 1421. Po zamknięciu uniwersytetu w roku 1831 został członkiem Rady Ogólnej Lekarskiej, nazywanej później Radą Lekarską Królestwa Polskiego.
W roku 1832 wziął ślub z Antoniną Mianowską, z którą miał syna, także znanego lekarza medycyny sądowej, profesora Uniwersytetu Jagiellońskiego Stanisława Pawła Jana Janikowskiego.
W latach 1843–1850 sprawował funkcję przewodniczącego Warszawskiego Towarzystwa Lekarskiego.