Pierwotnie stacja miała nazywać się Alfa (pierwsza), jednak sprzeciwiła się temu strona rosyjska, twierdząc, że pierwszy był radziecki Salut 1 z 1971 roku. W zamian zaproponowała nazwę „Atlant”, co z kolei nie spodobało się Amerykanom ze względu na zbytnie podobieństwo do zatopionej w morzu Atlantydy. Wobec braku innych pomysłów Międzynarodowa Stacja Kosmiczna do dziś nie posiada własnego imienia.
Pierwsze plany budowy stacji kosmicznej wspólnie przez Stany Zjednoczone, Japonię i Europejską Agencję Kosmiczną pojawiły się jeszcze w latach 80 XX wieku przy projekcie stacji Freedom. Projekt ten został ostatecznie zarzucony, na rzecz budowy stacji międzynarodowej. Od 1991 roku w prace włączyła się także Kanada, a w 1993 – Rosja. Wykorzystano przy tym niezrealizowane koncepcje stacji Freedom, rosyjskiej Mir-2 (której planowany moduł bazowy, DOS-8 stał się elementem segmentu rosyjskiego) oraz europejskiej stacji Columbus (z projektu wykorzystano jedynie moduł laboratorium orbitalnegoColumbus Space Station na Encyclopedia Astronautica . wyniesiony na orbitę w 2008).