Szybko stał się jednak wyspecjalizowanym komandem śmierci, wykonującym masowe egzekucje w podwileńskich Ponarach oraz w innych miejscach straceń na Wileńszczyźnie.
Egzekucje w Ponarach Modus operandi Przed II wojną światową Ponary (lit. Paneriai, jid. Ponar) były niewielkim osiedlem wypoczynkowym przeznaczonym dla pracowników Polskich Kolei Państwowych. Swą nazwę wzięło od pobliskiej stacji kolejowej, położonej przy linii Grodno – Wilno – Kowno. Leżały na południe od Wilna, od miasta dzieliła je odległość około 10 kilometrów. W pobliżu Ponar, prostopadle do wspomnianej linii kolejowej, przebiegała droga na Grodno, zwana potocznie „grodzieńką”.
W drugiej połowie 1940 roku, w odległości około trzech kilometrów na północny wschód od stacji Ponary, okupacyjne władze sowieckie rozpoczęły budowę podziemnych magazynów paliwa lotniczego. Docelowo miały one zaopatrywać lotnisko wojskowe w pobliskich Chazbijewiczach. Sowieci otoczyli teren budowy dwumetrowym płotem z drutu kolczastego oraz wysiedlili mieszkańców najbliżej położonych domów. Na terenie „bazy”, jak ochrzciła ją okoliczna ludność, zbudowano także kilka drewnianych szop. Prac budowlanych nie zdołano jednak ukończyć przed wybuchem wojny sowiecko-niemieckiej. Po niedokończonych magazynach pozostało sześć wykopanych dołów.