Największy miał średnicę około 40 metrów i głębokość około 5–6 metrów, pozostałe średnicę 8 metrów i głębokość 5 metrów. Doły były połączone rowami o średnicy 1 × 1 metr, w których docelowo miały się znaleźć rurociągi.

Latem 1941 roku nowi okupanci wybrali ponarską „bazę” na miejsce masowych egzekucji. Za decyzją tą przemawiało kilka czynników. Ponary leżały w niewielkiej odległości od Wilna, a przebiegające w pobliżu droga i linia kolejowa umożliwiały szybki i łatwy transport ofiar. Fakt, iż teren „bazy” był ogrodzony i otoczony lasami, ułatwiał zachowanie zbrodni w tajemnicy. Wreszcie wykopane przez Sowietów doły bez trudu można było przekształcić w masowe groby. Niemcy wykonali w „bazie” i w jej okolicach pewne dodatkowe prace budowlane. Teren wokół miejsca straceń otoczono czterometrową siatką zwieńczoną drutem kolczastym i częściowo zaminowano. W ogrodzeniu wybudowano dwie bramy. Większa, dwuskrzydłowa, znajdowała się przy szosie „grodzieńce”, nieopodal przejazdu kolejowego. Mniejsza, od strony wsi Nowosiołki, przeznaczona była dla samochodów ciężarowych. Biegnący przed nią odcinek leśnej drogi częściowo wzmocniono drewnianymi podkładami. Na drzewach wokół „bazy” rozwieszono tablice ostrzegające przed minami. Miejscową ludność ostrzeżono, że zbliżanie się do ogrodzonego terenu będzie karane rozstrzelaniem na miejscu.