W latach 1997–2016 członkini Zespołu ds. Kultur Ameryk Instytutu Etnologii i Antropologii Kulturowej Uniwersytetu Adama Mickiewicza w Poznaniu. Od 2002 założycielka i kierowniczka Pracowni, Zakładu, a następnie Katedry Studiów Latynoamerykańskich i Porównawczych na Uniwersytecie Łódzkim.
Zbudowała na Uniwersytecie Łódzkim spośród własnych wychowanków interdyscyplinarny zespół latynoamerykanistów, który w 2015 został włączony do sieci Latin American Council of Social Sciences. Była też inicjatorką powołanego na WSMiP UŁ w 2013 Centrum Konfliktów Latynoamerykańskich.
Wypromowała m.in. ośmioro doktorów.
Ambasador w Peru mały|(2018) mały|Magdalena Śniadecka-Kotarska i minister spraw zagranicznych Peru, Néstor Popolizio (2018) W 2017 Śniadecka-Kotarska została powołana przez prezydenta RP Andrzeja Dudę na stanowisko Ambasadora Pełnomocnego i Nadzwyczajnego RP w Peru, akredytowaną także w Boliwii i EkwadorzePostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 17 października 2017 r. nr 110.65.2017 w sprawie mianowania Ambasadora Rzeczypospolitej Polskiej ().. W marcu 2018 objęła placówkę w Limie. Zakończyła pełnienie funkcji 31 maja 2024 (formalnie odwołana w lipcu 2025)Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 29 lipca 2025 r.